La Ley de la Universidad de Puerto Rico, Ley Número 1 del 20 de enero de 1966, según enmendada, en su Artículo 8, crea en cada recinto una Junta Administrativa con las siguientes funciones:
- Asesorar al Rector en el ejercicio de sus funciones.
- Elaborar los proyectos y planes de desarrollo de la unidad institucional.
- Considerar el proyecto de presupuesto de la unidad institucional respectiva sometido por el Rector.
En adición a las funciones que especifica la Ley de la Universidad, el Reglamento General de la Universidad de Puerto Rico establece que cada junta actuará como cuerpo consultivo del Rector y colaborará con él en la realización del programa universitario.
Son miembros de la Junta Administrativa los siguientes: El Rector del RCM, Decanos de las seis (6) Escuelas, a saber: Escuela de Medicina, Escuela de Medicina Dental, Escuela de Enfermería. Escuela de Salud Pública, Escuela de Profesiones de la Salud, Escuela de Farmacia; Decano de Estudiantes, Decano de Administración, Decano de Asuntos Académicos, Decano de Investigación, dos (2) representantes de la facultad del RCM elegidos por y entre los Senadores Académicos, y un (1) representante del estudiantado, elegido por y entre los miembros del Consejo de Estudiantes.
La fecha límite para someter asuntos y documentos a ser incluidos en la Agenda de cada reunión mensual: Calendario de Trabajo.
El Reglamento Interno de la Junta Administrativa fue aprobado mediante la Certificación Número 124, 2013-14, JA-RCM.